結(jié)構(gòu)式搜索是化學(xué)信息快速獲取的重要手段,InDraw for Excel突破性地在Excel中實(shí)現(xiàn)子結(jié)構(gòu)搜索、精確結(jié)構(gòu)式搜索、相似度計(jì)算和搜索,通過Tanimoto算法,計(jì)算出相似度數(shù)值。可適用于用Excel管理的化學(xué)試劑庫存快捷實(shí)現(xiàn)結(jié)構(gòu)式搜索(PS: 結(jié)構(gòu)式數(shù)據(jù)可從英文名稱迅速轉(zhuǎn)化成SMILES,快速獲得),也可適用于沒有化合物管理系統(tǒng)的小團(tuán)隊(duì),進(jìn)行簡單的化合物管理(通過精確結(jié)構(gòu)式搜索,手動編寫唯一編號,輔之以更多屬性數(shù)值,進(jìn)行簡化化合物管理。推薦與鷹谷開發(fā)的InCMS結(jié)合一起使用。)
為了避免重復(fù)畫結(jié)構(gòu),可以從“Structure form history”中找到歷史輸入的結(jié)構(gòu),直接進(jìn)行再次搜索。
用上面的結(jié)構(gòu)進(jìn)行相似度計(jì)算,得到如下結(jié)果:
Copy as-SMILES
選中一個(gè)單元格,其中內(nèi)容為Molfie或InChI,選擇Copy as-SMILES,則在剪貼板中獲得一個(gè)SMILES單行字符串,可以直接粘貼(ctrl v)到一個(gè)word文檔或單元格中
Copy as-Molfie
選中一個(gè)單元格,其中內(nèi)容為SMILES或InChI,選擇Copy as-Molfie,則在剪貼板中獲得一個(gè)Molfile多行文本,可以直接粘貼(ctrl v)到一個(gè)word文檔或單元格中
Copy as-InChI
選中一個(gè)單元格,其中內(nèi)容為Molfie或SMILES,選擇Copy as-InChI,則在剪貼板中獲得一個(gè)InChI單行字符串,可以直接粘貼(ctrl v)到一個(gè)word文檔或單元格中
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-MF,即可批量計(jì)算出分子式
Computation-MW:計(jì)算分子量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-MW,即可批量計(jì)算出分子量
Computation-cLogP:計(jì)算cLogP脂水分布系數(shù)
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation- cLogP,即可批量計(jì)算出cLogP,對“Linpiski’s rule of five” Linpiski口服藥五原則非常重視的藥物化學(xué)家,將非常喜歡這個(gè)功能
Computation-tPSA:計(jì)算tPSA(拓?fù)錁O性表面積)
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-tPSA,即可批量計(jì)算出tPSA
Computation-Heavy atom:計(jì)算重原子數(shù)量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-Heavy atom,即可批量計(jì)算出Heavy atom數(shù)量。
Computation-H Donors:計(jì)算H供體數(shù)量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-H Donors,即可批量計(jì)算出H Donors數(shù)量
Computation-H Acceptors:計(jì)算H Acceptors(H受體)數(shù)量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-H Acceptors,即可批量計(jì)算出H Acceptors數(shù)量
Computation-Heteroatoms:計(jì)算Heteroatoms(雜原子)數(shù)量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation- Heteroatoms,即可批量計(jì)算出Heteroatoms數(shù)量
Computation-Hydrogens:計(jì)算Hydrogens(H原子)數(shù)量
選中Excel中的一列SMILES或InChI(僅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先轉(zhuǎn)化為SMILES后,再進(jìn)行計(jì)算);選擇Computation-Hydrogens,即可批量計(jì)算出H原子數(shù)量
致謝:InDraw for Excel的計(jì)算基于知名的RDKit整合開發(fā)而成,性能獲得優(yōu)化提升,更多詳情參考RDKit官網(wǎng)。